当センターでは、ISO9001、ISO14001の認証をJACOを認証機関として受審・合格しています。また、ダイオキシン類試験及び環境水、排水の水質試験の一部試験項目についてJIS Q17025(ISO/IEC17025)の試験所認定を受けています。2014年8月にISO17025の拡大認定を受け、新たに建材中のアスベスト含有率測定の分野を追加しました。
2017年度から、ISO9001/14001規格の2015年版改訂に対応すると同時に、より事業活動と一体化したシステムとする目的で、QMSとEMSを統合した品質／環境マネジメントシステムを構築し、運用を開始、2017年4月に段階的移行審査を受審して、規格適合性に関する指摘等を吸収、2017年10月に移行審査を受審、11月29日に移行認証を受けました。